一、满洲八旗兵
满洲八旗来源于满洲氏族部落组织。奴隶制时期的兵丁是自由民，作战掳掠奴隶即可上升为奴隶主阶级。因此，八旗兵勇猛善战，不同于汉族服役的士兵。
八旗分左右两翼。右翼是正黄旗、两红旗、镶蓝旗。左翼是镶黄旗、两白旗、正蓝旗。每旗设都统一人、副都统二人，统辖本旗军民，掌管兵马、钱粮以及户籍、田地等事项；所属参领五人（后增设副参领五人），承上启下，管辖若干佐领。旗人户籍都在八旗各佐领中，登记户主氏族、官爵或闲散（无职者），备载父、兄、弟、子侄及户下人等。三年比丁（查验）一次，身高五尺以上或年满十八岁的人为壮丁（进关前后每佐领二百人，康熙十三年约为一百三、四十人），验看骑射，从中挑选兵匠。每佐领选充亲军二人，上三旗隶属领侍卫内大臣，下五旗隶宗室王公；前锋二人，隶前锋统领；护军十七人，隶护军统领；步军领催二人，步军十八人，隶步军统领；鸟枪护军三人，鸟枪骁骑四人，炮骁骑一人，隶火器营；领催五人，骁骑二十人，弓匠一人，铁匠或鞍匠一人，各隶本旗都统。
清朝定都北京后，满洲八旗兵成为保卫国家，镇压人民的工具，并连年被派往各地作战。有“禁卫”（禁旅）、“驻防”之别。
禁旅八旗兵驻在北京。八旗兵丁分在京城各地，镶黄旗在安定门内，正白旗在东直门内，镶白旗在朝阳门内，正蓝旗在崇文门内；正黄旗在德胜门内，正红旗在西直门内，镶红旗在阜成门内，镶蓝旗在宣武门内。本旗都统率领骁骑按居止方位值班巡徼。八旗左右两翼，各设前锋统领一人，护军统领一人，分别率领护军参领、护军校以及护军营兵。前锋营、护军营平时警卫宫禁，皇帝外出巡幸则保卫行营。提督九门步军统领一人，率领左右翼步军总尉、步军尉步兵，守卫外禁门、巡警城内、防火捕盗。内务府包衣三旗的前锋、护军、骁骑，原归领侍卫内大臣统率，后归内务府总管大臣统率，守卫宫禁。火器营为特种兵，由王公大臣充任总统。满洲八旗兵被皇帝视为最可靠的军事力量，是国家根本所系。禁旅八旗兵以满洲八旗为主，留守京城，保卫皇室，称为京旗。遇有战事，派出作战，战后仍回京城。驻防八旗兵，分驻全国各军事重镇，总数约数万人，后渐有增加。
来源于氏族成员的满洲八旗兵原来作战时自备马匹器械，掳掠财物奴隶归兵丁所有。得充兵丁作战是光荣而有利的职业。清朝占领北京后，禁止掳掠，八旗兵丁仍须承受负担。早在一六五五年（顺治十二年）时，户部尚书陈之遴就指出：“远涉数千里，长征一二年。出兵之时，买马置械，措费甚难。凯旋之日，马倒器坏，又须买补。满兵月粮几何，堪此重费。”（《清朝经世文编》卷三十五）八旗兵成为国家军兵，马匹器械改由朝廷专设机构喂养和制作，兵丁靠朝廷发给粮饷生活。康熙时定制：前锋、亲军、护军、领催、弓匠长月给饷银四两，骁骑、弓匠、鞍匠三两。此外，每年各给米四十八斛。步军领催月给银二两，步军一两五钱，铁匠一至四两，年各给米二十四斛。炮手二两，年给米三十六斛。八旗骑兵粮饷，相当于当时七品官（年俸四十五两、米四十五斛）的俸禄，远比绿旗兵优厚。但八旗兵丁驻守京城，脱离农事，单靠粮饷和朝廷的赏赐过活。旗丁家口日繁，生计日蹙。聚集在京城，无所事事，游手好闲，战斗力也日渐削弱。康熙一朝，随着封建统治的确立，八旗兵由奴隶制军兵转化为封建国家的军队。八旗兵丁的“生计问题”，越来越严重了。
二、蒙古八旗与汉军八旗
蒙古八旗与汉军八旗也有禁旅与驻防之别，编制基本上与满洲八旗相同。但汉军八旗每佐领下置领催四人，马兵三十人，步军领催一人，步军十二人，共计四十七人，与满洲八旗略异。
编入汉军八旗的兵丁，不再是分属满洲八旗的奴隶，而是国家直属的军队。其地位当然低于满洲八旗，但因降清较早作战有功，军事、政治地位又都优于入关后的汉人降军绿旗。
吴三桂、尚可喜、孔有德、耿仲明等藩王，所率领的旧部虽按八旗制度编制，设统领，但各自成系统，并不隶属满洲八旗或汉军八旗。在历年作战中，收降的绿旗兵，也由藩王直接管辖。“三藩”战后，康熙帝将吴三桂藩下人丁编入内务府三旗，分遣到辽东各地。尚之信藩下十五佐领兵丁，改属驻防广州的汉军旗。耿精忠藩下十五佐领兵丁，改属福州的汉军旗。原属孔有德藩下的兵丁，也编入汉军旗。
三、绿旗兵
清军在作战中陆续收降明军，多达几十万人，不可能继续依照八旗建制。降军另行编组，旗帜概用绿色，因此被称为绿旗兵。绿旗兵以营为主要的基层编制，因而又称为“绿营”。
绿旗兵的编制，大体上是省设提督，省内重地设镇，由总兵官统领。下设副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等官职。总督、巡抚等地方官员节制绿旗官兵。总督、巡抚、提督、总兵官，各有几营标兵（督标、抚标、提标、镇标），专备调遣。副将所属官兵称“协”，驻守要地。参将至守备所属官兵，都称为“营”，防守城邑、乡镇，守兵称为“汛”，驻防巡逻的地区称“汛地”。京城设巡捕三营兵共有五千余人（后增至万人），由步军统领兼辖。全国共设六十六个镇（总兵官），约有绿旗兵六十万人，是清朝的重要支柱。“三藩”战争中先后被调遣作战的绿旗兵即有四十余万人。
“三藩”战后，康熙帝对各地绿旗兵制作了下列改革：
（一）绿旗兵的将官由兵部任免，提督、总兵等大员，兵部开列，请旨简放，后来副将也改为开列。参、游、守备等官，边疆及省会冲要地方由督抚提镇拣选才技优长、谙练地方的人员题补、调补，其余各缺由兵部推升；千总、把总由督抚提镇拨补。这就在全国范围内建立起升调制度，兵部掌握军事行政大权。将官不能世守一方，统率一军。“三藩”战争中立有大功的赵良栋，也被调离原领的绿旗。
（二）将领升调，不准携带兵丁。康熙《会典》规定：“凡擅带营兵：提督、总兵官等升任别省，将本省营内经制兵丁带赴新任者，十名以下罚俸一年，十名以上于现任内降一级。”将领不能再豢养自己的私人武装力量，明末军队中的家丁亲兵制度被废除了。
（三）将帅调兵，需要呈报皇帝批准。康熙《会典》规定：“若无警急，不先申上司，不待回报，辄于所属擅调军马，及所属擅发与者，各杖一百、罢职，发边远充军。”没有皇帝的“御宝圣旨”，将帅不能调动本部兵丁，兵权更集中于皇帝了。
康熙帝对绿旗兵丁也存有戒心，曾说：“凡地方有绿旗兵丁处，不可无满兵。满兵纵至粮缺，艰难困迫，至死断无二心。若绿旗兵丁，至粮绝时，少或窘迫，即至怨愤作乱。”（《清圣祖实录》卷二七四）为加强对绿旗兵的控制，绿旗将官出缺时，可派满人补任。满洲八旗兵与绿旗兵共同作战时，绿旗官兵要接受八旗将领的指挥。